A mediados del año 2006, Agustín Peña fue expulsado del ejército cubano y declarado objetor de conciencia debido a sus ideas políticas. Tras abandonar la unidad militar donde se encontraba, Peña fue detenido en su domicilio particular por la policía militar y oficiales de la Seguridad del Estado. Al no acatar las órdenes ya dentro de la prisión militar, Agustín Peña fue golpeado por los sargentos instructores de la unidad y acusado de los cargos de insubordinación, ausencia sin permiso y evasión. Además, Alonso Peña sufrió un acto de repudio delante de la unidad y se le denegó tanto la asistencia médica como una cama donde dormir, por lo que se vió obligado a dormir en el suelo. Carecía de ropa limpia, contaba únicamente con un uniforme, y sus posibilidades de higiene eran pésimas.